بتاريخ 9/5/2016 يوم الإثنين الساعة 12 ظهراً وللمرة الثانية يستهدف طيران النظام السوري متحف معرة النعمان بصاروخين فراغيين. وقد بنى هذه المنشأة الممتدة على مساحة قدرها 7 دونمات مراد باشا الجلبي أمين ديوان الدفاتر السلطانية وذلك بعد دخول العثمانيين إلى سورية في النصف الثاني من القرن العاشر الهجري (971 هجرية) (1564م)، بهدف تقديم الخدمات لنزلائه من طعام واغتسال ومبيت وغيره.
يتألف المبنى من أربعة أجنحة بأسقف مصلبة تتقد مها أروقة بقناطر مدببة ترتكز على عضائد حجرية، ويتخلل كل جناحين معبر يؤدي إلى مرافق خدمية، ويتوسط الباحة بناء مسجد وتكية إطعام، أما من الجهة الغربية فيضم مرافق خدمية واقتصادية مؤلفة من سوق تجارية وحمام التكية وفرن خبز ومستودعات للغلال ومدار لتوزيع الماء لكافة المنشأة، وقد أوقف الباني عدة منشآت اقتصادية لتفي حاجات نزلاء الخان. وقد خلف الاستهداف أضراراً جسيمة بالبناء وخاصة حمام السوق الذي هو جزء من الخان، و كذلك الواجهة الغربية المعروف الجناح الرابع من الجهة الغربية. وقد قام فريق العمل بمشروع المراقبين التابع لمركز حماية التراث الثقافي بالكشف الحسي المباشر على الموقع ودراسة الأضرار على البناء وتوثيقها ووضع الحل الإسعافي للتدخل بشكل مباشر لتخفيف الضرر على البناء